Liceum Ogólnokształcące imienia Jana Pawła II powstało z inicjatywy księdza biskupa Kazimierza Górnego, który w 1996 r. poprosił Siostry Prezentki o prowadzenie szkoły.
Liceum rozpoczęło działalność edukacyjną 1 września 1997 roku – długa jest jednak historia, z której ta Szkoła wyrosła.
Siostry Prezentki działalnością edukacyjną i wychowawczą zajmują się od 1627 roku. Wtedy właśnie powstała pierwsza w Polsce szkoła dla dziewcząt, założona przez Sługę Bożą Matkę Zofię Czeską (więcej >>). Szkoła Matki Zofii Czeskiej kształcąca dziewczęta istnieje w Krakowie do dziś. Obecnie jest placówką  koedukacyjną i składa się z Publicznej Szkoły Podstawowej i Liceum Ogólnokształcącego. Szkoła w Rzeszowie jest kontynuacją tego samego dzieła wychowawczego Matki Zofii Czeskiej.

       Gdy w 1996 r. ówczesna Matka Generalna Zgromadzenia Sióstr Prezentek – Donata Smoleń – zajęła się tworzeniem nowej szkoły w Rzeszowie, uznała razem ze wspólnotą Sióstr za oczywiste, że jej Patronem będzie Jan Paweł II. Wybór ten był z jednej strony hołdem złożonym Wielkiemu Polakowi, z drugiej zaś wytyczał kierunek pracy wychowawczej w szkole prowadzonej przez Zgromadzenie. Zarówno Siostry jak i nauczyciele świeccy wciąż pragną ukazywać młodzieży Ojca Świętego jako przewodnika, który zapala miłością do Chrystusa i wprowadza na drogę wierności Bożym przykazaniom. Przybliżanie uczniom postaci Jana Pawła II i Jego nauczania stało się jednym z podstawowych elementów realizowanego przez szkołę programu wychowawczego.

Liceum Sióstr Prezentek w Rzeszowie rozpoczęło swoją działalność w 1997 roku, jako pierwsza katolicka szkoła w Rzeszowie. W pierwszym roku swego istnienia szkoła korzystała z budynku parafialnego Parafii Farnej. Naukę rozpoczęło wówczas 67 uczniów w dwóch klasach pierwszych. Użyczenie pomieszczeń dla nowo powstałej szkoły zawdzięczamy hojności ówczesnego Księdza Prałata Stanisława Bęłzy.

Od 1 września 1998 r. Szkoła przeniosła się do budynku przy ul. Ks. Jałowego 1, który był własnością Parafii Farnej. Dawniej mieściła się tu Bursa dla chłopców z ubogich rodzin wiejskich, założona w 1875 r. przez księdza Feliksa Dymickiego. W Bursie tej mieszkał w latach trzydziestych XX wieku śp. Ksiądz Infułat Józef Sondej, który kilkakrotnie był naszym Gościem (historia Bursy Ks. Dymnickiego opowiedziana przez ks. Infułata Józefa Sondeja >>). Po II wojnie światowej budynek został przejęty przez władze komunistyczne i przeznaczony na bibliotekę uniwersytecką, a następnie na sale dydaktyczne Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. Kościół odzyskał do niego prawo własności w 1998 r. i decyzją Księdza Biskupa Kazimierza Górnego został podarowany Zgromadzeniu Sióstr Prezentek na prowadzenie Liceum Ogólnokształcącego.
W roku 1999, dzięki zmianom w systemie oświaty, Siostry otworzyły również drzwi dla gimnazjalistów i wówczas szkoła liczyła blisko 300 uczniów (92 uczniów Gimnazjum i 195 uczniów Liceum). Kilkanaście lat później, w roku szkolnym 2014/2015, do szkoły uczęszczało już 839 uczniów (414 uczniów Gimnazjum i 425 uczniów Liceum).
Potrzeby lokalowe ciągle rosły, więc aby zapewnić uczniom rozwijającej się szkoły odpowiednie warunki do kształcenia, modlitwy i zajęć sportowych, Siostry dwukrotnie budynek rozbudowywały (w 2003 i 2016 r.) oraz podejmowały konieczne remonty. Pomieszczenia poddasza i sutereny zostały zagospodarowane i przystosowane do potrzeb szkoły. Powstała m.in. biblioteka z czytelnią, pracownie informatyczne i przedmiotowe oraz siłownia. W 2003 roku została zakończona pierwsza rozbudowa. W nowej części budynku mieści się kaplica, aula szkolna, sala gimnastyczna z zapleczem, a z czasem powstała tam również ścianka wspinaczkowa. 16 października 2003 r. – w 25. rocznicę pontyfikatu Papieża Jana Pawła II – przeżywaliśmy w naszej szkole najważniejszy dzień w dziejach jej istnienia – poświęcenie nowo wybudowanej kaplicy i sali gimnastycznej. Na opiekuna kaplicy wybrano Świętego Józefa, który w naszej szkole jest patronem chłopców i mężczyzn, dlatego Jego wspomnienie (19 marca) obchodzone jest w naszej szkole jako święto wszystkich Chłopców i Panów.

W 2017 r. po rządowej decyzji o zamknięciu gimnazjów (ostatecznie wygasły w 2019 r.) i reorganizacji systemu edukacji Zgromadzenie Sióstr Prezentek powołało do życia Szkołę Podstawową. W pierwszym roku utworzono tylko klasy siódme, a w następnym również klasę czwartą. Dopiero w roku 2019/2020, gdy Zgromadzenie uzyskało od Urzędu Marszałkowskiego budynek przy ul. Lisa-Kuli 13, rozpoczęto nabór do klasy pierwszej.
Obecnie w Szkole Podstawowej im. św. Jana Pawła II w Rzeszowie działają już wszystkie klasy – od pierwszej do ósmej. Uczniowie klas 1-5 pobierają naukę w budynku przy ul. Lisa-Kuli 13, natomiast klasy 6-8 korzystają z budynku Liceum przy ul. ks. Jałowego 1.
Od 2018 r. Szkoła Podstawowa i Liceum tworzą Zespół Szkół Ogólnokształcących im. Jana Pawła II Sióstr Prezentek w Rzeszowie.
Budynek przy ul. Lisa-Kuli 13 jest użytkowany od 2019 r. Jego poświęcenie, połączone ze ślubowaniem uczniów klasy pierwszej i uroczystym pasowaniem odbyło się 8 października 2019 r., a dokonał go ks. prałat Władysław Jagustyn – proboszcz parafii Świętego Krzyża w Rzeszowie, na której terenie znajduje się ów budynek.

W roku 2020, szczególnym z uwagi na 100. rocznicę urodzin papieża Jana Pawła II, budynek przy ul. Lisa-Kuli 13 został przekazany Zgromadzeniu Sióstr Prezentek przez Zarząd Województwa Podkarpackiego z inicjatywy Władysława Ortyla – Marszałka Województwa Podkarpackiego – z określeniem celu: na prowadzenie publicznej szkoły podstawowej. Okolicznościową uchwałę Sejmiku Województwa Podkarpackiego przyjęto 18 maja 2020 r. jako wotum wdzięczności Urzędu Marszałkowskiego Janowi Pawłowi II w 100. rocznicę Jego urodzin.

Szkoła posiada także własny internat dla dziewcząt przy ul. ks. Jałowego 26, który po przeprowadzeniu koniecznych remontów i modernizacji rozpoczął działalność wraz z rokiem szkolnym 1998/1999 (Więcej >>).

 Cechą charakterystyczną szkoły, jest jej profil wychowawczy. Szkoła prowadzona jest przez Siostry Zakonne i jako szkoła katolicka czerpie swoje zasady wychowawcze od Sługi Bożej Matki Zofii Czeskiej – za nasze najważniejsze zadanie uważamy stworzenie takiego środowiska wychowawczego, by młody człowiek mógł się integralnie w szkole rozwinąć – we wszystkich aspektach człowieczeństwa. Naszym hasłem są słowa Ojca Świętego Jana Pawła II: „Na szkołę patrzymy jak na poszerzony dom rodzinny, w którym wartości ważne dla całego narodu są stale gruntowane w coraz to nowych pokoleniach”. Pragniemy, by szkoła była miejscem wzrastania w chrześcijańskiej wierze, w wierności nauce Kościoła, w wierności ideałom patriotycznym. Pragniemy również, by młodzi ludzie uczyli się rzetelnej pracy, odpowiedzialności, szacunku do drugiego człowieka i uczciwości. Szkoła jest oczywiście, przede wszystkim miejscem znacznego wysiłku intelektualnego – realizowany program nauczania, wymagania, które stawiają nauczyciele – to wszystko wymaga od ucznia naprawdę rzetelnej pracy.

Do ważniejszych wydarzeń w historii Szkoły można zaliczyć poświęcenie Sztandaru Liceum, które odbyło się w 20. rocznicę pontyfikatu Jana Pawła II. Patron Liceum zaprasza uczniów do wierności Chrystusowi i Ojczyźnie. Młodzież liceum często wyjeżdża na wycieczki, rajdy, bierze udział w pielgrzymkach. Tradycją szkoły były wyjazdy na spotkania z Ojcem Świętym – patronem szkoły. Chwile osobistych spotkań uczniów z papieżem Janem Pawłem II z pewnością zaliczyć można do najpiękniejszych w życiu.